Фамильная усыпальница Ширваншахов в плане имеет прямоугольную форму и увенчана шестигранным куполом, который снаружи украшен многолучевыми звездами. В прошлом плоскости углублений купола были выложены кирпичами с голубой глазурью. Это подтверждается и путешественником И.Лерхом, побывавшим в Баку в 1733 году. Он отмечает: "Кровля (усыпальница) устлана была лазоревого цвета камнями".

О назначении здания говорит надпись над входным проемом: "Величайший султан, великий Ширваншах, тезка пророка божьего, защита религии, Халил-Улла I приказал выстроить эту светлую усыпальницу для своей матери и сына в восемьсот тридцать девятом году" (1435-36 годы). Над стрелкой арки входного проема размещается шестигранная розетка с именем Али, повторяющимся 12 раз. Вершину портала венчает надпись из Корана, прославляющая аллаха.

В двух каплевидных медальонах в боковых частях портала, помещены надписи с именем архитектора - меймар Али. В каждом медальоне одна и та же надпись повторена дважды: в прямом и зеркальном изображении. С большим искусством и мастерством вырезал архитектор на шахской усыпальнице свое имя, долгие годы остававшееся неизвестным и прочитанное лишь в 1945 году азербайджанскими учеными.

Центр здания составляет погребальное помещение с куполом. В некоторых источниках говорится, что в 1501 году после гибели ширваншаха Фарруха-Йессара, войска шаха Исмаила взяли крепость Баку и останки покойников из усыпальницы предали огню. Работы археологов, проводившиеся в 1945 году, опровергли эту версию. Под деревянным полом усыпальницы  был обнаружен склеп с 5 погребениями, перекрытыми каменными плитами. Выявлено, что в 3-х могилах захоронены взрослые, а в 2-х других - дети. Продолжение работ в усыпальнице обнаружило еще ряд нетронутых гробниц, общее число которых достигло 14. Эти гробницы были могилами членов семьи Ширваншахов. Могилы оказались в сохранности, но отсутствовали надгробия.

Археологические работы подтвердили данные надписи о том, что здесь захоронены Бикя-ханум - мать ширваншаха Халил-Уллы I, его сын, а также другие члены семьи. При расчистке погребений были обнаружены остатки материи (тирме) со следами геометрического орнамента, с медальонами, в которых были вытканы надписи сделанные арабским шрифтом, несколько голубых бисеринок, золотая булавка с бирюзой и шестью рубинами, золотые серьги. Ныне эти материалы хранятся в фондах музея истории Азербайджана.